７年前のある日、ありふれたニュータウンにある旭ヶ丘という中学校が最初の舞台です。〈もうすぐたくさん生徒が死にます　みんな木曜日の子どもです〉という一通の封書が学校へ届くところから物語が始まります。同じ頃、2年1組では生徒９人が死亡、21人が入院するという無差別毒殺事件が起きていました。給食にワルキューレという猛毒の薬物が混入されており、同組でただ一人生き残った上田祐太郎という少年によるもので、世の中を震撼させるショッキングな犯行でした。

そして7年後。この物語の主人公の清水という男は、再婚を機にこのニュータウンへ引越してくることが二幕目の始まりです。生活を共にするのは妻の香奈恵と彼女の連れ子で14歳になる晴彦という少年です。清水は三人が本当の家族になるためにと気持ちを新たにしていますし、晴彦にとっても前の学校で酷い虐めにあっていたこともあって、転校は新しい出発点になるものでした。ただ、願いは思い通りには行かないもので、清水は二人を守らなくてはいけないと思いつつも、晴彦との距離をなかなか掴めずにいるのです。

そんなおりに、晴彦が上田に面影が似ているという噂が中学校で流れていることを清水は耳にします。さらに清水が購入した家が、事件の被害者の女子中学生がかつて住んでいた家だったということをも知るのです。そして21歳になった上田が少年院を本退院して社会に復帰してきたという情報が清水の耳に届くのです。こんなところが物語前半部のさわりです。